2022年，为了深入贯彻落实习近平总书记重要指示和党中央、国务院决策部署，加快完善药品行政执法与刑事司法衔接工作机制，严厉打击危害药品安全违法犯罪行为，国家药监局、市场监管总局、公安部、最高人民法院、最高人民检察院等部门将出台《办法》纳入落实药品安全专项整治工作的重点任务清单。国家药监局作为牵头部门，在2021年研究工作的基础上，持续推动修订工作进程，会同市场监管总局、公安部、最高人民法院、最高人民检察院等部门，对原食品药品监督管理总局、公安部等5部门联合印发的《食品药品行政执法与刑事司法衔接工作办法》进行了修改，组织研究起草了《办法》。各部门通力合作，深入调查研究、广泛征求意见、反复研究论证，达成一致意见，顺利联合印发《办法》，圆满完成药品安全专项整治工作任务。
《办法》的制定和发布，强化多部门联合查处大案要案，加强对药品行刑衔接工作规范和指导，优化行刑衔接流程，将更好地推进“两法两条例”、《刑法修正案（十一）》和“两高”《关于办理危害药品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》的落地实施，严厉打击药品领域违法犯罪行为，切实维护人民群众生命安全和身体健康，有力助推药品安全专项整治工作取得实效。
《办法》共六章四十六条，重点在五个方面对行刑衔接工作进行了完善。一是明确了药品监管部门、公安机关、人民检察院、人民法院等各部门的职责边界。增加药品监管部门移送案件的具体职责，明确公安机关案件受理审查、执法联动的职责，强调检察院对药品监管部门移送涉嫌犯罪案件活动和公安机关有关立案侦查活动履行监督责任，增加人民法院对财产刑和从业限制的判罚，提高法律震慑力。二是完善了案件移送的条件、时限和移送监督，明确了公安机关、检察机关反向移送要求，对衔接工作流程、程序和时间、材料要求等方面作出更加具体的规定，增强可操作性。三是规范了涉案物品检验、认定、移送、保管和处置程序。规定药监部门应当设立检验检测绿色通道，积极协助公安、司法机关提供涉嫌犯罪案件涉案物品的检验结论和认定意见。与新修订的危害药品安全“两高”司法解释相衔接，完善了涉案物品认定结论。明确了涉案物品移交、保管和处置程序，规定案件移送的同时移交涉案物品。对因客观条件所限或对保管、处置有特殊要求的涉案物品，公安机关可以与药品监管部门签订涉案物品委托保管协议，委托药品监管部门代为保管和处置。相关保管、处置等费用有困难的，由药品监管部门会同公安机关等部门报请本级人民政府解决。四是强化了协作配合与督办。各部门应推动建立地区间、部门间药品案件查办联动机制，通报案件办理工作情况，建立双向案件咨询制度。明确了公安机关提前介入、加强执法联动的责任，药监部门在工作中发现明显涉嫌犯罪的线索，应当立即通报，同级公安机关应当及时进行审查，必要时进行调查核实。对药监部门查处、移送案件过程中，发现行为人可能存在逃匿或者转移、灭失、销毁证据等情形的，应当由公安机关协助采取紧急措施，必要时和药品监管部门协同加快移送进度，依法采取紧急措施予以处置。五是加强信息共享和通报。强调各部门应通过行政执法与刑事司法衔接信息共享平台，逐步实现涉嫌犯罪案件网上移送、网上受理、网上监督。《办法》还依据新修订的法律、法规和国务院文件，增加了行政拘留的衔接、行政处罚与刑事处罚的衔接、行纪衔接等条款，明确有关部门的分工与职责。
国家药监局、市场监管总局、公安部、最高人民法院、最高人民检察院将指导各省、自治区、直辖市药监局、市场监管局、公安厅（局）、高级人民法院、人民检察院贯彻落实相关法律、法规、国务院文件和《办法》规定，充分发挥行刑衔接工作机制的作用，加大对药品领域违法犯罪行为的打击力度，严防严管严控药品安全风险，切实保障人民群众用药用械用妆安全。
