根据《通知》，医疗机构依法执业自查主要包括以下内容：
（一）医疗机构资质、执业及保障管理；
（二）医务人员资质及执业管理；
（三）药品和医疗器械、临床用血管理；
（四）医疗技术临床应用与临床研究；
（五）医疗质量管理；
（六）传染病防治；
（七）母婴保健与计划生育技术服务（含人类辅助生殖技术和人类精子库）；
（八）放射诊疗、职业健康检查、职业病诊断；
（九）精神卫生服务；
（十）中医药服务；
（十一）医疗文书管理；
（十二）法律法规规章规定医疗机构应当履行的职责和遵守的其他要求。
《通知》显示，医疗机构所在地卫生健康行政部门应当通过现场核查、书面核查、在线核查自查年度总结等方式，定期检查辖区医疗机构自查工作开展情况，并可作为对医疗机构进行监督检查的方式。具体核查方式由各地根据实际确定。
核查发现未按要求认真开展依法执业自查整改的医疗机构，医疗机构所在地卫生健康行政部门要将有关情况通报核发其《医疗机构执业许可证》的行政部门。
地方各级卫生健康行政部门可以结合医疗机构自查总结反映的违法执业突出问题，组织开展针对性的专项检查活动。
全国医院巡查已开始
除了医疗机构自查，国家卫健委巡查组专家也已开始在全国范围内进行医院巡查。
7月24日，国家卫健委印发《2020年医疗行业作风建设工作专项行动方案》，要求重点检查医疗机构从业人员接受药品、医疗器械、医用卫生材料等医药产品生产、经营企业或经销人员以各种名义、形式给予的回扣行为。
严肃查处医药产品生产、经营企业的经销人员在医疗机构内的违规营销行为。
专项整治时间为2020年7月-12月，分教育与自查阶段（2020年7月）、集中宣传与整治阶段（2020年8月-11月）、评估与总结阶段（2020年12月）三个阶段。
此外，2019年11月21日，国家卫健委发布《大型医院巡查工作方案（2019—2022年度）》，重点巡查医疗机构是否有加强监管、杜绝医师在药品处方、医学检查、检验等医疗服务中实行开单提成的具体措施；是否存在医疗卫生技术人员违反规定私自采购、销售、使用药品、医疗器械、医用卫生材料等医药产品的问题。
据赛柏蓝器械梳理，目前四川大学华西第四医院、北京大学人民医院、云南省普洱人民医院等多地区知名三甲医院，均已有国家卫生健康委员会大型医院巡查组专家或地方卫生健康委巡查组专家进行巡查。
